Ang Vologda ay matatagpuan sa kanang pampang ng ilog ng parehong pangalan, na kung saan ay isang sinaunang daanan ng tubig na kumonekta sa lungsod na ito sa pamamagitan ng mga palanggana ng mga ilog ng Sukhona at Sheksna na may Arkhangelsk.
Sa kauna-unahang pagkakataon sa mga mapagkukunang pangkasaysayan ang lungsod ay nabanggit noong XII siglo. Noong ika-15 siglo, ang Vologda ay pinamunuan ni Veliky Novgorod. Mula 1462 sa dalawampung taon ang Vologda ay ang sentro ng pagiging puno ng appanage, ngunit mula 1481 ay nahulog ito sa ilalim ng pamamahala ng pamunuan ng Moscow, na ang pinuno noon ay si Ivan III.
Noong 1565 nagpasya si Ivan the Terrible na i-set up ang kanyang pangalawang tirahan ng oprichnina sa Vologda. Nais niyang bumuo ng isang bato Kremlin at isang kuta dito. Ang libu-libong mga artisano at magsasaka ay dinala sa Vologda, at ang konstruksyon ay pinamunuan ng English engineer na si H. Locke. Sa plano, ang Kremlin ay isang rektanggulo. Sa hilagang bahagi, protektado ito ng Vologda River, at sa magkabilang panig isang hukay na may tubig ang hinukay. Ngunit ang pagsalakay ng Crimean Khan noong 1571 at ang salot na nagsimula sa Vologda ay pinilit si Ivan IV na bumalik sa Moscow. Sa pag-alis ng hari, tumigil ang konstruksyon.
Dahil sa kawalan ng mga seryosong kuta, si Vologda ay naghirap mula sa pagsalakay sa hukbo ng Poland-Lithuanian noong 1612. Ngunit ang lungsod ay mabilis na itinayong muli at lumampas pa sa dating laki. Sa pagtatapos ng ika-17 siglo, ang sentrong pangkasaysayan ng Vologda ay binubuo ng apat na bahagi: Lungsod, Verkhniy Posad, Nizhniy Posad at Zarechye. Gayunpaman, sa simula ng ika-18 siglo, ang posisyon ng ekonomiya ng Vologda ay humina medyo dahil sa pagkakatatag ng St. Petersburg at pagbuo ng kalakalan sa Dagat Baltic.
Noong 1708 ang Vologda ay isinama sa rehiyon ng Arkhangelsk. Ngunit noong 1719 ang lungsod ay naging sentro ng lalawigan ng Vologda, at noong 1796 - ang gitna ng lalawigan ng Vologda, na mayroon hanggang 1929.
Noong ika-19 na siglo, ang lungsod ay naging isang lugar ng pagpapatapon sa politika para sa maraming mga miyembro ng intelektuwal. Noong 1918, ginampanan ng Vologda ang papel na "diplomatikong kapital" ng Russia sa loob ng 5 buwan. Matapos ang pagtatapos ng Brest Peace Treaty, ang mga embahada at misyon ng 11 pangunahing mga estado na pansamantalang lumipat dito, lalo na: ang USA, Great Britain, France, Japan, China, Brazil, atbp.
Ngayon ang Vologda ay isang tanyag na sentro ng turista na binisita ng parehong mga Ruso at mga dayuhang turista.