Ang mga ilog ng Estonia ay napakaliit at kabilang sa pitong daang ilog ng bansa, siyam lamang ang maaaring magyabang na malampasan ang marka ng isang daang kilometro.
Ilog ng Piusa
Dumaan si Piusa sa mga teritoryo ng dalawang estado - ang Republika ng Estonia at Russia. Ang kabuuang haba ng kama sa ilog ay siyamnapu't tatlong kilometro. Ang paghahati ay ang mga sumusunod: Ang Estonia ay nagmamay-ari ng walong kilometro ng Piusa; ang bahagi ng teritoryo ng Russia ay umabot sa isang maliit na labintatlong kilometro. Ang kabuuang lugar ng catchment ay 796 square kilometres.
Ang pinagmulan ng ilog ay matatagpuan sa mga lupain ng Estonian sa tubig ng Lake Alasjärv (ang nayon ng Villa, na matatagpuan sa timog-kanlurang direksyon mula sa nayon ng Vastseliina - labindalawang kilometro). Ang bukana ng ilog ay isang salamin ng Lake Peipsi, hindi kalayuan sa nayon ng Budovizh. Sa confluence, ang Piusu ay naghahati, dumadaloy sa lawa sa dalawang sanga.
Ang gitnang daanan ng ilog - labing walong kilometro sa pagitan ng mga nayon ng Vastseliina at Saetamme - ay tumatakbo kasama ang isang magandang guwang. Siya ang naging lugar kung saan naayos ang reserba. Ito ay itinatag noong 1965 at sumasaklaw sa isang lugar na may kabuuang sukat na higit sa siyam na kilometro kwadrado.
Ilog ng Võhandu
Ang Võhandu ang pinakamahabang daanan ng tubig sa republika. Ang kabuuang haba nito ay katumbas ng isang daan at animnapu't dalawang kilometro. Ang mapagkukunan ng Võhandu ay matatagpuan malapit sa Estonian na pag-areglo ng Saverna. Pagkatapos nito, lumilipat ito sa kailaliman ng Lake Jiksi at nakukumpleto ang paglalakbay, kumokonekta sa tubig ng Warm Lake. Nangyayari ito hindi kalayuan sa nayon ng Võõpsu.
Kapansin-pansin na bago ang Lake Vagula, tinawag ng mga residente ang ilog na ito na Pyhajõgi, ngunit pagkatapos ng paglabas nito mula sa mga tubig nito - Voo.
Ang mga barko ay naglalayag sa tabi ng ilog sa tabi ng seksyon na hangganan ng Lake Peipsi at ng pantalan na matatagpuan sa teritoryo ng nayon ng Võõpsu. Maraming mga stream ang pangunahing tagapagtustos ng tubig sa Võhandu.
Ilog ng Parnu
Ang Pärnu ay isang ilog ng Estonia na may kabuuang haba na isang daan at apatnapu't apat na kilometro. Ang kabuuang lugar ng catchment ay halos pitong kilometro kwadrado. Ang pinagmulan ng ilog ay isang maliit na lawa na may pinagmulan ng tagsibol (hindi kalayuan sa Roosno-Alliku), ngunit nagtatapos ito sa ruta ng Pärnu, na dumadaloy sa tubig ng Pärnus Bay (bahagi ng Golpo ng Riga, ang lugar ng tubig na Baltic).
Ang ilog ay pinakain na halo-halong. At kung sa itaas na umabot, ang mga tubig sa ilalim ng lupa ay nagiging mga tagatustos, kung gayon sa ibabang umabot ay umuulan. Ang ilog ay hindi laging nagyeyelo sa taglamig. Kung nangyari ito, pagkatapos ay ang mga yelo ay nabubuo mula noong ikalawang dekada ng Disyembre at tumatagal hanggang sa katapusan ng Marso.
Ang ilog ay mailalagay lamang malapit sa lugar na pinagtagpo. Ang higaan sa ilog ay hinarangan ng mga dam sa labing-isang lugar.
