Paglalarawan ng akit
Ang monasteryo ay itinatag ni Donna Mora Dias noong 1280 para sa mga madre na Clarissian. Ang monasteryo ay hindi nagtagal, at noong 1311 tumigil ito sa pag-iral. Noong 1316, ang asawa ni Haring Dinis I, si Queen Isabella ng Portugal, ay itinayong muli ang monasteryo.
Si Queen Isabella ng Portugal ay tinawag ding "Holy Queen" dahil sa kanyang pambihirang kabanalan at kabutihan. Ang Queen ay sikat din sa kanyang mabait na tauhan, nagtatag ng mga ospital, ulila at paaralan. Matapos ang pagkamatay ng kanyang asawa, si King Dinish, nagretiro siya sa monasteryo na ito. At noong 1336, namatay ang reyna at inilibing sa isang monasteryo sa isang libingan na pinalamutian ng istilong Gothic. Noong 1626, si Queen Isabella ay na-canonize para sa kanyang awa at mabuting gawa.
Ang unang arkitekto ng monasteryo ay si Domingos Dominguez, sikat sa kanyang trabaho sa mga gallery ng monasteryo ng Alcobas. Ipinagpatuloy niya ang gawain ng arkitektong ito na si Estevao Dominguez, na sumikat sa kanyang trabaho sa mga gallery ng Cathedral sa Lisbon. Noong 1330, ang pagtatalaga ng templo ay naganap, at maya maya pa ay idinagdag ang isang monasteryo sa katimugang bahagi ng simbahan. Ang mga donasyong pang-pera at regalo ay madalas na ipinakita sa monasteryo. Sa simula ng ika-16 na siglo, ang simbahan ay pinalamutian ng mga tile ng Seville at ang mga bagong altar ay na-install.
Dahil ang monasteryo at ang simbahan ay itinayo sa kaliwang pampang ng Mondego River, makalipas ang isang taon ay bumaha ang mga gusali ng umaapaw na tubig sa ilog. At sa paglipas ng maraming siglo, ang monasteryo ay binaha ng maraming beses. Dahil sa madalas na pagbaha, imposibleng manatili sa monasteryo, at iniutos ni Haring John IV na iwanan ang gusali at lumipat sa isang bagong monasteryo - ang monasteryo ng Santa Clara-a-Nova, na itinayo sa isang burol na hindi kalayuan sa lumang gusali. Ang libingan na naglalaman ng mga abo ng Queen Isabella at iba pang mga royal figure ay inilipat sa isang bagong gusali.
Sa paglipas ng panahon, ang matandang monasteryo ay naging mga labi. Noong 1910, ang gusali ay kasama sa listahan ng mga monumento ng pambansang kahalagahan, at ang ilang gawaing muling pagtatayo ay isinagawa noong unang kalahati ng ika-20 siglo.